Bu tarihî bir han sarayı olarak inşa edilmiş olup günümüzde müze olarak ziyaretçilere açıktır. Saray, Yukarı Baş Devlet Tarihi-Mimari Koruma Alanı sınırları içerisinde bulunmakta olup, dünya çapında tarihi ve mimari öneme sahip bir anıt olarak değerlendirilmektedir. 18.yüzyılda inşa edilen saray binası, şehrin kuzeydoğu kesiminde, kale duvarlarıyla çevrili bir alanda konumlanmıştır. İki katlı ve 30 metre uzunluğundaki sarayın toplam alanı 300 m²’dir. Yapının 6 odası, 4 koridoru ve iki aynalı balkonu bulunmaktadır. Sarayın cephesi, av ve savaş sahnelerini tasvir eden resimlerin yanı sıra geometrik ve bitkisel motiflerle süslenmiştir. Cephede, farklı renkli camlardan yapılmış büyük bir ızgara pencere binanın tam ortasında yer almakta, renkli camlardan oluşan kafesli pencereler ise taş çerçeveler üzerine monte edilmiştir.
Saray binası, aynı zamanda kamu konutlarının mimari özelliklerini de taşımakta olup, Kafkasya’daki 18. yüzyıl saray mimarisinin en seçkin örneklerinden biri olarak kabul edilmektedir. Bunun yanı sıra, İslam Doğu’sunun mimari incilerinden biri olarak değerlendirilir. Şeki Han Sarayı, şehrin tarihi merkeziyle birlikte UNESCO Dünya Mirası Alanı kapsamında korunmaktadır. 1853 yılında hazırlanan kalenin planına göre, Han ailesine ait çeşitli yapılar mevcuttu. Saray kompleksinin yanı sıra kalede bir hazine, bir kışla, bir hapishane ve 1828 yılında Han camisine dönüştürülen bir Ortodoks kilisesi yer almaktaydı. Sarayın ilk görüntüleri, bu yapıyı ziyaret edenlerde büyük hayranlık uyandırmıştı. Aleksander Dumas, Aleksander Korniloviç, Andrey Fadeyev ve Arnold Zisserman sarayı anlatırken detaylı tasvirler sunmuş; Leo Tolstoy, Nikolai Rayevski, Ilya Berezin, Elise Reklu ve diğerleri de bu yapıyla ilgili gözlemlerini kaydetmişlerdir.
Azerbaycan Sovyet Sosyalist Cumhuriyeti döneminde saray, müze statüsü kazanmıştır. 1968 yılında, sarayın bulunduğu Şeki'nin Yukarı-Baş bölgesi, tarihi-mimari sit alanı ilan edilmiştir. 24 Ekim 2001 tarihinde Şeki Han Sarayı, Şeki’nin tarihi merkezi ile birlikte UNESCO Dünya Mirası Listesi’ne aday gösterilmiştir. 1 Ağustos 2010 tarihinde, UNESCO Genel Direktörü İrina Bokova, Azerbaycan’a yaptığı resmi ziyaret sırasında Han Sarayı’nı ziyaret etmiştir. Saray, 2019 yılı itibarıyla Şeki’nin tarihi merkeziyle birlikte UNESCO Dünya Mirası Listesi’nde yer almaktadır.
4 Temmuz 2012 tarihinde, sarayın 250. yıl dönümü Şeki şehrinde görkemli bir etkinlikle kutlanmıştır. Törene, Azerbaycan’ın bilim, kültür ve sanat alanında etkili isimlerinin yanı sıra, Milli Meclis milletvekilleri ve 30’a yakın ülke ile uluslararası kuruluşların büyükelçileri katılmıştır.
Şeki Kalesi’nde inşa edilen ve birçok yapıdan oluşan saray kompleksinden günümüze yalnızca iki katlı saray binası ulaşabilmiştir. Yapı, inşasından sonra birçok onarım ve restorasyon çalışmasına tabi tutulmasına rağmen, bu müdahaleler sarayın özgün görünümüne ciddi bir zarar vermemiştir. Şeki Hanlığı’nın Rus İmparatorluğu’na katılmasının ardından saray yerel yönetim kontrolüne geçmiş ve çeşitli dönemlerde yenilenmiştir. 1848–1851 yıllarında, Hüseyin Han Müştag’ın torunu ve şair Kerim Ağa Fateh tarafından sarayda restorasyon çalışmaları gerçekleştirilmiştir.
Cumhurbaşkanı İlham Aliyev, eşi Mehriban Aliyeva ve Başbakan Recep Tayyip Erdoğan, eşi Emine Erdoğan Şeki Han Sarayı’da (2012)
2002 yılında, "Kültürel Mirasın Korunması" projesi çerçevesinde Şeki Han Sarayı’nda restorasyon çalışmaları başlatılmıştır. Saray binası 31,7 metre uzunluğunda, 8,5 metre genişliğinde ve 10 metre yüksekliğindedir; her katın yüksekliği 3,35 metredir. Saray, hem cephe hem de plan çözümlemesi açısından simetrik bir yapıya sahiptir. Dikey olarak ikinci kat, birinci katın planını tekrar etmektedir. Odalar uzun aks boyunca sıralanmış olup, her iki katın ortasında araştırmacılar tarafından resepsiyon amacıyla kullanıldığı düşünülen bir girintili oda bulunmaktadır. Salonların yanlarında, koridorlarla ayrılmış daha küçük odalar yer almakta ve bu odaların ikincil misafirlere ayrıldığı düşünülmektedir.
Sarayın her iki katındaki ana salonlar benzer planlama özellikleri göstermektedir. Kuzey tarafında, köşe vitraylı güney pencerelerine açılan küçük odalar bulunmaktadır. Bu düzenleme sayesinde her iki salonda da iki bağımsız tavan düzeyi (plafond) oluşmaktadır: Kuzey duvarında derin bir niş ve salonun ana kısmındaki tavan. Sarayın duvarları astarlanmış ve derin bir frizle iki seviyeye ayrılmıştır. Alt kattaki nişler genellikle dikdörtgen şeklinde olup sarkıtlarla tamamlanırken, üst kattaki nişler sarkıtsız eksenel bir yüzeye sahiptir.
Salonların kuzey duvarlarında ve birinci katın yan odalarında bir oda sobası (buhar odası) bulunmaktadır; ikinci katın salonunda ise buhar odası yer almamaktadır. Sarayın dört odasının duvarları ve tavanları resimlerle süslenmiştir. Birinci kattaki iki yan odanın duvarlarında resim bulunmamakta, ancak duvarlar boyama için tasarlanmış olup iç kısımlarda renkli kontur izleri gözlemlenmektedir. Sadece birinci kattaki salonun tavanı ahşap olup tablo ve dekoratif öğelerle kaplıdır. Tüm odalarda tavan ve duvar birleşim yerleri sarkıtlarla süslenmiştir. Yapıda daha sonraki dönemlerde gerçekleştirilen değişiklikler ve eklemeler, orijinal görünümü ciddi şekilde etkilememiştir.
Şeki Kalesi’nin yaklaşık 6 hektarlık geniş arazisinde, cami dışında saray hizmetlilerine ait herhangi bir yapı günümüze ulaşmamıştır. Saray ile çevresini saran taş duvarların aynı dönemde inşa edilip edilmediği konusunda bazı şüpheler vardır. Duvarlar 40–60 cm kalınlığında olup, kaba dere taşı ve kireç harcı karışımından yapılmış bir temel üzerine inşa edilmiştir. Duvarlar, 20 × 20 × 4 cm ölçülerinde pişmiş tuğlalardan oluşturulmuştur. Saray binasında odaların duvarları, holleri ve pencere çerçeveleri vitray şebeke pencerelerle kaplanmıştır. Renkli camlarla tamamlanan şebeke pencerelerin geometrik desenleri, sarayın ana cephesinin genel kompozisyonunu tamamlıyor. Salonların ve odaların tam şebekeli pencereleri ana cepheye açılmaktadır ve aralarında aynalı sarkıtlarla tamamlanan derin giriş ve balkon nişleri bulunmaktadır. Şebekelerin desenleri halk sanatçıları tarafından küçük ahşap detaylardan tutkal ve çivi kullanılmadan çizim yöntemiyle bir araya getirilmiştir. Her iki katın ana salonlarının ve üst kattaki yan odaların dış duvarlarının tamamen vitray pencerelerle değiştirilmesi bu sarayın ana mimari özelliği olarak kabul edilir.
1957 yılında Azerbaycan’a gelen büyük Türk şairi Nazım Hikmet, Şeki Han Sarayı’nı ziyaret etmiştir. O dönemde yeniden restore edilen bu mimari harikayı gören şair, hayranlığını gizleyememiştir. ‘Eğer Azerbaycan’da başka eski yapılar olmasaydı, yalnızca Şeki Han Sarayı’nı dünyaya göstermek yeterli olurdu,’ demiştir. Şeki Han Sarayı, özgün mimari üslubuyla her zaman yabancı turistleri etkilemiştir. İngiltere’nin önde gelen medya organlarından gelen gazeteciler ve ABD’nin ülkemizdeki Büyükelçisi Robert Sekuta da Saray’ın önünde hayranlıklarını gizleyememiştir. İngiliz gazeteciler ülkelerine döndüklerinde yapı hakkında kapsamlı makaleler yayımlamış; bu da İngiltere toplumunda büyük ilgi uyandırmıştır.
Büyükelçi Sekuta ise şunları ifade etmiştir: “Şeki’de gösterilen samimi kabul için teşekkür ederiz. Ne kadar güzel bir yer! Ne kadar güzel bir şehir! Bu yer hakkında duymuştum, Saray hakkında okumuştum, fakat gelerek burayı kendi gözlerinizle görmek gerçekten etkileyici. Şeki Han Sarayı gerçek bir ulusal hazinedir. Bu yer yalnızca Azerbaycan için değil, aynı zamanda dünya için de bir hazinedir.” Bu sözler, Han Sarayı’nın yabancılar için taşıdığı değeri bir kez daha doğrulamaktadır.